Il piccolo centro si sviluppò infatti in età medievale dopo l'arrivo dei Benedettini.
Il suo nome è da ricondurre alla presenza di celle monastiche benedettine nel territorio, come nel caso della vicina Sant’Angelo di Celle.
Originariamente erano esistenti due “ville” vicine: quella di San Nicolò e quella di San Cristoforo di Celle. Nel XIV secolo si decise di trasformare uno dei due in un vero e proprio insediamento e venne costruito il Castello di San Nicolò di Celle, tutt’ora esistente e nucleo del paese.
La Chiesa di San Nicola, ubicata poco fuori dal castello è di antiche origini e fu completamente ricostruita nel 1890 su disegno dell’ingegnere Nazzareno Biscarini. Il campanile ottagonale, caratterizzato dalla sua massiccia mole e ben visibile dai centri vicini, fu iniziato nel 1876 e terminato nel 1881.
La facciata, come tutte le chiese leonine del territorio perugino, è caratterizzata da un piacevole prospetto in terracotta. L’interno ospita cinque altari e fu decorato dal pittore perugino Giovanni Ellero nel 1915.
Tradizionalmente a San Nicolò di Celle si lavorava il vimine e la paglia palustre per la fabbricazione di ceste, seggiole e canestri, che venivano rivenduti in tutto il comprensorio. In particolare, la produzione di sedie e il mestiere del sediaio hanno costituito, e costituiscono ora solo in parte, una buona fonte di reddito.
Vi è inoltre la chiesa della Madonna del Pantanelli, un piccolo edificio di culto a impianto rurale del XVI secolo, con navata unica e copertura con tetto a capriate lignee.
Al suo interno è custodito un affresco raffigurante la Madonna col Bambino e angeli attribuito a Scilla Peccenini posto dietro all'altare, di cui si hanno poche notizie, se non quella che è vissuto sicuramente alla fine del ‘500. Nella parete sinistra è presente anche l’affresco raffigurante San Sebastiano, della stessa mano della Madonna dei Pantanelli.